Guggenhausen wurde erstmals 1251 als Guginhusin urkundlich erwähnt, der Name geht wohl auf den Personennamen Gucko zurück. Für das Jahr 1264 sind Schenkungen des Kämmerers Heinrich von Bigenburg von Besitz im Ort an das Kloster Baindt belegt.
Die Burg Königsegg war die Stammburg eines Zweigs der Herren von Fronhofen, die sich ab 1251 Herren von Königsegg nannten, im 14. Jahrhundert in den Besitz des ganzen Ortes kamen und im Laufe der Zeit größere Gebiete in der Umgebung und bei Aulendorf sowie zwischen Oberstaufen und Immenstadt erwarben.
Sie verlegten ihre Residenz Mitte des 17. Jahrhunderts nach Königseggwald, ihre Grafschaft fiel 1806 an das Königreich Württemberg, das es dem Oberamt Saulgau zuordnete.
Die Stammburg in Königsegg wurde im 19. Jahrhundert in ein Hofgut umgewandelt, eine Burgkapelle im Ostflügel mit einem Weihwasserbecken der Renaissance blieb erhalten. Die Burg Königsegg war bis 1850 Teil der Gemeinde Hoßkirch und ist seither mit ihrer östlichen Umgebung eine Exklave Guggenhausens.
Bis 1972 gehörte Guggenhausen zum Landkreis Saulgau. Mit dessen Auflösung wurde die Gemeinde am 1. Januar 1973 Teil des Landkreises Ravensburg.
In den Weilern Brunnen und Egg wurden keltische Grabhügel nachgewiesen.
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